期刊评价对于树立正确的办刊导向、学术研究导向具备极其重大作用。目前，能否被认定为核心期刊是评价期刊的主要标准。核心期刊通过集中刊登某学科高质量论文传播推介的最新研究成果，代表着学科发展的水平和趋势。对于人文社科期刊而言，能否被认定为核心期刊成为影响其生存发展的重要指标。
但是，各评价机构的核心期刊评判标准存在很明显的差异性和局限性。其一，创刊时间门槛存在差别。有的评价机构要求创刊3年后才有资格进入核心期刊评价系统，有的则要求5年，通常创刊时间低于3—5年的期刊是没有资格进入核心期刊目录的。诚然，历史积淀是决定期刊质量的主要的因素，老牌刊物与新刊物相比更有集聚优质稿源的优势，但决定期刊质量、影响力的关键还是其所发文章的质量。其二，评价指标相同但标准存在一定的差异。比如，各种评价体系通常把期刊文章引用率、摘转率作为影响因子的主要指标。就摘转率而言，由于转载报刊的“级别”是各评价机构自行认定的，同一刊物被甲机构认定为核心期刊，在乙机构则不是；在甲机构排名靠前，在乙机构则排名靠后，这显然有失公允。另外，目前许多重要文章是通过微信等新媒体平台传播的，影响力很大，但并没有被纳入评价体系。其三，评价指标不能全面衡量期刊发展水平。评价机构为增强评价的科学性，设立指标体系，使用定量方法，通过打分和排名形式公布评价结果。但其评价过程、数据采集等方面的情况并没做到公开透明，对刊物在道德诚信、违规违纪等方面的情况也难以衡量。其四，评价机构偏好的影响在所难免。由于评价机构分属不同单位，对不同期刊往往具有不一样程度的偏好。这也会影响评价的客观公允性。
解决诸如此类的问题，充分的发挥期刊评价对人文社会科学发展和新型智库建设的导向与推动作用，需要从多方面进行长期努力。当前可优先考虑采取以下举措：依托主管部门，由科研机构、高等院校、期刊等领域的专家组成独立评估力量，并建立一个能够客观、真实、科学地反映我国人文社科期刊质量、发展的新趋势的综合评价体系，包括期刊评价指标体系、行业征信体系、专家评审体系等；建立行业准入和退出制度、优秀期刊奖励和资助制度、违规期刊处罚制度等约束性强的制度体系；进行动态、量化、透明的考核管理，并建立相应的社会监督机制。